虽然幕府己经向大明臣服，接受了苛刻的条件，但日本国内的不满情绪并未完全平息，尤其是那些在整合过程中利益受损的旧势力和地方强藩。
名义上的最高统治者——被朱遵铭册封的安乐天皇，在最初的恐惧过后，也开始不甘心只做一个被大明册封的、毫无实权的傀儡。他和他身边的公卿们，开始利用自己独特的精神象征地位，在暗中进行一些小动作。
他们表面上对大明派驻的“镇西都护府”（己扩展至管理部分本州事务）官员毕恭毕敬，积极配合推行“汉化”政策（如鼓励学习汉语、儒学），甚至主动提出要选派更多的宗室子弟和学者前往北京“学习深造”。
但暗地里，他们却利用各种宗教仪式和传统活动，不断向民众和武士阶层灌输“神国”思想，强调天皇的“万世一系”和“神圣不可侵犯”，以此来对抗大明文化的渗透，维系自身的精神权威。
他们还秘密联络那些对大明统治不满的大名和武士，向他们传递一些模棱两可的“暗示”，鼓励他们“隐忍待机”。
更有甚者，安乐天皇甚至试图通过秘密渠道，联系远在草原的瓦剌残余势力，以及南洋的荷兰人，企图引入外部力量，来制衡大明在日本的影响力！
这些小动作，自然逃不过李执黑遍布日本的东厂眼线。相关的情报源源不断地送到了朱遵铭的案头。
“看来，这位天皇陛下，是不甘寂寞啊。” 朱遵铭看着密报，嘴角露出一丝冷笑。他从未小看过日本这个民族的隐忍和韧性。
“陛下，是否要采取行动？敲打一下京都方面？” 李执黑请示道。
“不必。” 朱遵铭摇了摇头，“打草惊蛇，反而不美。既然他喜欢在暗中搞小动作，那就让他继续搞。正好让朕看看，水面之下，到底还潜藏着多少不安分的鱼。”
他决定将计就计，利用天皇的“小动作”，来引诱那些真正心怀不轨的势力暴露出来。
他指示驻日官员：
1、表面尊重，暗中监控： 对天皇和朝廷继续保持表面上的尊重，满足他们一些非原则性的要求，甚至可以适当增加一些“赏赐”，以麻痹对方。但暗地里，要加强对京都皇宫、主要寺庙以及可疑大名领地的监控，掌握他们的真实动向。
2、分化拉拢，制造矛盾： 继续执行之前分化拉拢大名的策略，重点扶持那些愿意真心归附、积极配合改革的“亲明派”大名（如细川氏的部分成员），给予他们更大的权力和利益，让他们去制衡那些摇摆不定或心怀叵测的势力。同时，也要在天皇、幕府（虽然权力己被架空，但仍有一定影响力）和各大名之间，巧妙地制造一些矛盾和猜忌，让他们内斗不休，无暇一致对外。
3、经济控制，加深依赖： 通过大明主导的贸易体系，一方面向日本倾销大明的工业品（如纺织品、铁器、日用品），冲击其脆弱的本土手工业；另一方面，则控制日本急需的物资（如药品、优质煤炭、先进技术）的输入，并大量收购其白银和铜矿，加深日本在经济上对大明的依赖。
朱遵铭相信，只要牢牢掌控住军事、政治和经济的主导权，任凭安乐天皇和那些反对势力如何折腾，也翻不起太大的浪花。他甚至可以利用他们的“小动作”，来达到自己清除异己、巩固统治的目的。
他给李执黑下达了一道密令：“盯紧那个天皇。如果他真的敢和瓦剌或者红毛夷勾结，做出实质性的叛逆之举，那就……不必再留着他了。大明，需要一个更听话、更‘识时务’的日本象征。”
一场围绕着日本控制权的暗战，在看似平静的表面下，激烈地进行着。朱遵铭如同一个高明的棋手，冷静地观察着棋盘上的每一个变化，不动声色地布下陷阱，等待着对手自己跳进来。他要用事实告诉日本人，在大明帝国绝对的实力和高明的谋略面前，任何反抗和阴谋，都将是徒劳的。
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