巴达维亚城，这座象征着荷兰在东方权力和财富的坚固堡垒，此刻正笼罩在绝望的阴影之下。港口外，密密麻麻的大明战舰封锁了海面，黑洞洞的炮口如同死神的眼睛，冷冷地注视着城内；陆地上，数万名装备精良、杀气腾腾的兰芳陆师己经完成了合围，挖掘壕沟，构筑炮兵阵地，巨大的“弘光开疆炮”被缓缓推上前沿，瞄准了城墙。
城内的荷兰守军，在经历了舰队覆灭和陆地防线被突破的双重打击后，士气低落到了极点。总督和少数高级官员虽然还在负隅顽抗，试图组织防御，但面对海陆两方面的巨大压力，以及城内日益蔓延的恐慌情绪，他们的抵抗显得苍白而无力。
佐助并没有立刻发动强攻。他深知攻城战的残酷，也谨记朱遵铭陛下“尽量减少己方伤亡，争取和平接收”的指示。他命令部队继续施加军事压力，同时派遣阿三法师和部分熟悉荷兰语的兰芳官员，再次入城进行劝降。
阿三法师以其悲悯的情怀和智慧的言辞，向城内的荷兰平民和普通士兵宣讲大明皇帝的“仁慈”：只要放下武器，放弃抵抗，生命财产安全将得到保障，愿意离开者可以提供船只遣返，愿意留下者，主要是工匠、商人等有一技之长者，亦可获得大明子民身份，享受公平贸易的权利。
他还特别强调了负隅顽抗的后果：一旦城破，玉石俱焚，届时悔之晚矣。城外那数十门威力无穷的“弘光开疆炮”就是最首接的威胁！
与此同时，彼得也利用自己欧洲人的身份，与被困在城内的英国东印度公司代表取得了联系。英国人本就是“盟友”，自然乐于见到荷兰人倒霉。他们在城内散布“大明军队优待俘虏”、“抵抗毫无意义”的消息，进一步瓦解荷兰守军的意志。
内外夹击之下，巴达维亚城内的抵抗心理防线开始崩溃。越来越多的士兵和平民开始动摇，甚至出现了小规模的骚乱和逃亡。荷兰总督和强硬派军官试图弹压，但己无济于事。
最终，在围困了十余日，并且经历了一次由“弘光开疆炮”发起的、摧毁了部分城墙和关键防御设施的“试探性”炮击之后，巴达维亚的城门，缓缓打开了。
以总督为首的荷兰殖民政府官员，面如死灰地走出城门，向城外的佐助递交了投降文书。
巴达维亚，这座荷兰人在东方经营了数十年的心脏，宣告陷落！
佐助率领兰芳军主力，在英国舰队代表的“观礼”下，正式接管了巴达维亚。他下令解除所有荷兰军队的武装，收缴武器装备，查封荷兰东印度公司的仓库和资产。对于投降的荷兰官员和士兵，则按照之前的承诺予以处理：愿意离开者集中遣返，愿意留下并效力者，主要是技术人员，则登记在册，另行安置。对于城内的平民，则秋毫无犯，迅速恢复城市秩序和商业活动。
巴达维亚的陷落，如同多米诺骨牌倒下的第一块，引发了连锁反应。
香料群岛： 失去了巴达维亚总部的支援和海军的保护，荷兰在摩鹿加群岛等地的据点变得孤立无援。云中鹤率领的“凤翔军”与当地反抗荷兰统治的苏丹武装里应外合，很快便攻占了安汶、班达等重要岛屿，将荷兰势力彻底驱逐出香料贸易的核心区域。
马六甲： 苟延残喘的葡萄牙残余势力，在看到大明帝国的赫赫神威后，更加不敢有任何异动，彻底沦为大明在马六甲海峡的“看门人”。
苏门答腊、婆罗洲等地： 那些曾受荷兰支持的残余地方势力，失去了靠山，很快便被当地的大明驻军和归附的土邦武装剿灭或收编。
至此，整个东南亚地区，从马六甲海峡到香料群岛，基本都纳入了大明帝国的首接或间接控制之下！荷兰人数十年来的殖民成果，毁于一旦！
消息传回欧洲，引发了巨大的震动！荷兰联合东印度公司的股价暴跌，阿姆斯特丹的交易所一片哀嚎。他们终于意识到，那个遥远的东方帝国，己经不再是任人宰割的羔羊，而是一头真正苏醒的、拥有无可匹敌力量的巨龙！
英国东印度公司则成为了最大的受益者之一。他们不仅在战后“受邀”参与了对巴达维亚的“共同管理”，当然，主导权牢牢掌握在大明手中，更重要的是，获得了在宁波、泉州等港口进行贸易的特权，并有机会接触到部分大明的先进技术（主要是民用领域）。英明两国之间的关系，进入了一个全新的、既合作又竞争的阶段。
西班牙人虽然在这次行动中只是“象征性”地参与了牵制，但也乐于见到荷兰这个竞争对手的惨败。他们暂时安分守己地盘踞在吕宋，与大明维持着表面的和平。
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